Os Sannin

Jiraiya aceita uma missão, a de ir atrás de Tsunade para que ela virasse a nova Hokage. Ele chama Naruto, e os dois partem.
Orochimaru depois do ataque em Konoha e sem seus braços, comenta para Kabuto sobre Uchiha Itachi, um membro da akatsuki que superava o próprio Orochimaru em força. Em Konoha, Kakashi, Sarutobi Asuma e Yuuhi Kurenai se encontram com Uchiha Itachi (irmão de Sasuke, matou todo o clã dele) e Hoshigaki Kisame, dois membros da Akatsuki, que estavam atrás da Kyuubi. Uchiha Itachi derrota Kakashi e Kurenai facilmente, mas Maito Gai chega por lá e fala que chamou todo grupo da ANBU para ir em seu auxílio o que faz Itachi recuar pois não queria lutar inutilmente.
Itachi e Kisame encontram Jiraiya e Naruto, Kisame fala que o Jiraiya pode ser derrotado pelo Itachi, mas se ele mesmo enfrentasse o Jiraiya, não tinha certeza da vitória por se tratar de um sannin. Eles encontram Naruto, e só não o matam porque Sasuke chega (depois de saber que seu irmão estava atrás do Naruto), mas é facilmente derrotado pelo Itachi. Jiraiya aparece para salva-los e a luta entre Jiraiya e Itachi iria começar, mas Sasuke fala que quem irá matar o Itachi é ele, mas Itachi usa a Técnica do Deus da lua (Tsukuyomi) em Sasuke para acabar com sua mente para lhe dar mais ódio de matá-lo. Jiraiya aproveita enquanto Itachi está distraído e usa um de seus melhores jutsus contra eles, mas Itachi quebra o jutsu de Jiraiya com as chamas negras (Amaterasu) e resolve ir embora pois com o Naruto de agora, eles não precisariam se preocupar por ele estar muito fraco.
Naruto e Jiraiya continuam sua busca, e Jiraiya decide ensinar para Naruto uma técnica, o Rasengan. Naruto aprende o básico, só falta aprender a fazê-lo de verdade.
Tsunade e Shizune (sua aluna) se encontram com Orochimaru e Yakushi Kabuto. Orochimaru quer que sua antiga companheira, Tsunade, cure seus braços, e em troca ele revive o irmão dela e seu amado. Shizune diz que é um absurdo ela aceitar, mas Tsunade não se importa com o que possa acontecer com Konoha. Orochimaru dá para ela uma semana para pensar. Nessa noite Jiraiya encontra sua companheira, Tsunade, e diz que ele quer que ela vire Hokage. Ela zomba desse título, e Naruto a chama para brigar. Ele mostra o Rasengan, e Tsunade diz que ele nunca vai aprender, que se em uma semana ele aprender, o colar que ela tem, de seu avô, o Shodaime Hokage, será dele. Naruto treina, mas não consegue fazer um Rasengan perfeito.
No dia, Tsunade droga Jiraiya, que fica fraco. Ela vai até Orochimaru, porém não para curá-lo, e sim para matá-lo com um ninjutsu médico. Kabuto percebe, e avisa Orochimaru. Tsunade jura que irá matá-lo. Ela segue os dois. Jiraiya, Shizune e Naruto chegam. Tsunade e Kabuto brigavam (Kabuto quase a matou, mas a chegada do Jiraiya interrompeu na hora certa), mas o próprio Kabuto, sabendo do medo de Tsunade de sangue, a deixou paralisada. Shizune e Kabuto lutam, assim como Jiraiya e Orochimaru. Naruto, para salvar Tsunade do ataque de Kabuto, se põe na frente, e com um Rasengan perfeito derruba Kabuto, mas Kabuto não morre e derrota Naruto cortando suas ligações com a Kyuubi para ela não poder regenerá-lo desta vez. Orochimaru percebe o erro que cometeu deixando Naruto vivo, e com a Kusanagi segue para matá-lo, mas Tsunade fica na frente e leva um monte de furos e cortes de Orochimaru que só não a mata por piedade. Mas do nada ela o ataca e em seguida usa Souzou Saisei, um kinjutsu, que recupera totalmente seu corpo, e vai ajudar Jiraiya na luta. Jiraiya invoca GamaBunta, Tsunade invoca Katsuyu e Orochimaru (com a ajuda de Kabuto) invoca Manda, respectivamente o rei dos sapos, a rainha das lesmas e o rei das cobras.
Orochimaru foge, vendo que não iria ganhar, pois estava sem os braços e seus oponentes eram dois sannins. Tsunade dá seu colar para Naruto, e decide virar Hokage. Ela volta, e recupera Sasuke, Kakashi, e ela diz para Rock Lee (que havia se ferido gravemente contra Gaara) que ele não tem chances de cura, mas depois de um longo tempo, ela consegue curá-lo por completo.