A missão da Akatsuki

De volta para Konoha, Tsunade sabe de toda a situação, e diz que Sasuke pode estar muito forte, treinando kinjutsus, usando drogas (por causa do conhecimento de Kabuto). Sakura e Naruto decidem ir conversar com Kakashi, e Sai que vai a convite de Sakura. Kakashi diz que eles precisam ficar fortes, caso queiram salvar Sasuke. Ele propõe um treinamento, mas diz que Naruto é o que mais se beneficiará com ele, ficando até mesmo mais forte do que o Kakashi, mas Asuma chega, e Kakashi pede para adiar a conversa. Mais tarde, Naruto aprende a controlar seu elemento, o Fuuton com a ajuda de Sarutobi Asuma. Tsunade convoca 80 ninjas, divididos em grupo de 4 pessoas. A missão deles é parar os membros da Akatsuki de andarem no País do Fogo, matando-os, se necessário. É aí que ocorre um dos mais tristes fatos de naruto. Sarutobi Asuma luta contra Hidan e Kakuzu, junto com seu time, mas acaba assassinado. Tempos depois, descobre-se que ele teve um flho com Yuuhi Kurenai. Kakashi se torna o novo sensei do antigo time Asuma, sendo que o novo sensei do antigo time Kakashi será Yamato.Hatake Kakashi vai com Nara Shikamaru, Akimichi Chouji e Yamanaka Ino para enfrentar os membros da Akatsuki Hidan e Kakuzu. Ele atravessa Kakuzu com o Chidori, mas mesmo assim ele não morre (por ter cinco corações, sendo que apenas um teria sido destruído nesse golpe) e derruba Hatake Kakashi.Hatake Kakashi pára o ataque de Kakuzu usando dois Chidoris. Hidan acaba acertando mais um de seus corações em um golpe sem querer. Ao morrer pela segunda vez Kakuzu atingiu uma segunda forma, onde ficava maior e tinha fios negros saindo por todo o corpo, ao tentar matar Kakashi, Ino e Chouji com um golpe rapido foi impedido por Naruto e Yamato, que chegavam junto a Sai e Sakura. Kakashi mandou que Sai e Sakura se juntassem a Shikamaru que enfrentava Hidan em outro local enquanto Naruto enfrentava Kakuzu sozinho. Com seu novo jutsu o Fuuton - Rasen Shuriken, evolução do rasengam Naruto achava que podia derrotar Kakuzu, porem na hora em que ia atingi-lo o efeito do jutsu acabou e Naruto teve de ser salvo por Kakashi e Yamato, Ino observou que Naruto não havia mudado apesar de tudo. Naruto pede que deixem ele lutar com Kakuzu, pois quer superar a barreira existente entre ele e Sasuke, Kakashi permite. Kakuzu muda novamente de forma pra se preparar pro jutsu atingindo uma forma ainda maior e com mais fios negros. Ao enganar Kakuzu com seu Kage Bunshin no Jutsu, Naruto consegue acertar seu novo jutsu em Kakuzu o explodindo e acabando de uma vez com os três corações restantes. Todos ficam impressionados com a força de Naruto e Kakashi revela que nem com o Sharingam conseguiu acompanhar o jutsu de Naruto que termina exausto apos atingir o inimigo e o derrotar. Hidan enfrenta Nara Shikamaru numa área cheia de armadilhas. É pego pelo Ninpou: Kage Nui de Shikamaru. Hidan depois de amarrado por uma corda cheia de selos explovisos, é feito em pedaços com uma explosão e enterrado num enorme buraco, mas continua vivo. No entanto, não podia mais lutar e foi soterrado, prometendo vingança.