Ataque em Konoha

A terceira fase do exame começa. Naruto luta contra Neji. Depois de ficar sem chakra, Kyuubi o ajuda, e ele derrota Neji, tido como o melhor genin de todos, o que espanta a maioria dos expectadores. Sasuke não aparece para enfrentar Gaara, e acontecem a luta entre Nara Shikamaru e Temari. Shikamaru vence a luta, mas a vitória é da Temari pois Shikamaru desistiu por não ter mais chakra . Sasuke chega, e a luta dele contra Gaara começa. Gaara não parece ter chance contra Sasuke que evoluiu de uma maneira incrível depois de um mês. No meio da luta, uma explosão acontece. Um ataque começou. Os ninjas da Areia e do Som estão invadindo Konoha. Hatake Kakashi invoca um cão, Pakkun, e pede que Sakura, Shikamaru e Naruto vão atrás de Sasuke, que segue Gaara. Gaara, depois da luta, está enfraquecido, e é a missão de seus irmãos, Kankurou e Temari, levá-lo para segurança.
Eles partem, mas Shikamaru fica para trás, para atrasar nove ninjas inimigos. Ele quase ia morrer, mas seu sensei, Sarutobi Asuma, o salva. Sasuke derrota Temari facilmente e depois ele iria lutar contra Kankurou, mas Aburame Shino chega e luta contra ele, e Sasuke continua. Shino vence a luta, mas com veneno em seu corpo não pode prosseguir.
Sasuke e Gaara se enfrentam novamente, só que desta vez Gaara está auxiliado pelo Shukaku, o bijuu selado dentro dele. Sasuke começa a ficar em desvantagem pois a força do Shukaku é impressionante, mas ele decide que deve superar os seus limites e usa o chidori pela terceira vez conseguindo arrancar o braço de Gaara, só que com isso o selo volta a agir no seu corpo e Sasuke fica imobilizado pela dor. O Shukaku se regenera e Gaara parte para o ataque em Sasuke de novo.
Naruto e Sakura salvam Sasuke. Sasuke, por causa de seu selo, não consegue lutar, e Naruto luta em seu lugar, mas com um medo intenso. Sakura fica presa, e Naruto decide salva-la depois de ouvir as palavras de Sasuke. Ele chama GamaBunta, o rei dos sapos, e luta com ele contra o Gaara, que agora havia liberado seu bijuu, Shukaku. Naruto com a ajuda de Gamabunta, que usa o Henge para se transformar na Kyuubi, para conter garras e agarrar a Shukaku, consegue derrotar Gaara, e o ensina que o verdadeiro poder só vem quando se tem algo precioso para defender. Gaara entende que sua vida não deve se resumir a matar, e começa a pensar diferente.
Em Konoha, o Hokage, Sarutobi, luta contra Orochimaru. Depois de uma luta ele morre, selando os braços de Orochimaru. A invasão falha, e o enterro do Hokage acontece. O vilarejo de Suna percebe que foram manipulados, que Orochimaru havia matado o Kazekage e assumido seu lugar, e voltam a sua aliança com Konoha.